调查小组赴菲后，希望与菲国人员共同组成联合调查小组，讯问凶手、勘验证物，且不排除对涉案人测谎，并要求菲国将凶手交由台湾追诉审判，或由菲国承诺依该国法律从严追诉审判并执行，另要求菲国承诺赔偿被害人洪石成家属损失。

　　台湾方面强调，调查工作并没有时间表，但希望能尽快完成调查，给予民众事件真相及交代。

　　调查团抵达马尼拉机场后，菲律宾官方除移民局协助通关外，没有官员出面接待。

　　菲律宾海岸警卫队16日表示，会全力配合菲国家调查局对台湾渔民遭枪杀事件展开调查。

　　海岸警卫队发言人巴里洛向媒体表示，菲海岸警卫队已准备好配合国家调查局提出的各项要求。

　　菲国家调查局此前已要求海岸警卫队向其移交在枪击台湾渔船事件中使用的枪支。

　　但是，菲司法部长德利马16日则称，菲律宾不会与台湾就菲海岸警卫队枪杀台湾渔民事件开展联合调查。

　　德利马当天表示，菲律宾有自己的调查程序与司法制度，不会同意与台湾开展联合调查。

　　他称，台湾方面不能只是把调查人员派来菲律宾开展调查，“必须经过某些渠道，提出适当要求”。

　　菲律宾总统府马拉坎南宫16日则表示，菲律宾对台湾方面的要求已做出“额外让步”；暗示菲国对台湾要求的回应可能到此为止。

　　陈显达强调，菲律宾总统阿基诺三世已经派遣个人特使向死亡船员洪石成家属传递歉意，并称制裁对两方都不好。

　　陈显达说，菲律宾已经准备好紧急计划以因应台湾方面的制裁。

　　台湾民间仇菲情绪弥漫理性呼声显现

　　菲律宾公务船射杀台湾渔民事件后，台湾方面与菲律宾关系紧绷，民间弥漫仇菲情绪，台湾彰化一家菜摊贴出“拒卖菲人”的标语，甚至还传出在台菲劳工、菲籍新移民遭追打等事件，让在台菲籍人士甚至其他东南亚劳工、新移民深感恐惧。

　　位于台北市中山区的“小菲律宾区”近日显得一片冷清，不仅上门的菲律宾顾客减少，多数菲律宾人心生恐惧，担忧在台安危亮起红灯。

　　马英九16日表示，菲律宾公务船射杀台湾渔民，该负责的是菲国政府，希望不要迁怒菲律宾劳工与在台菲籍人士。

　　马英九当天晚间透过社交网站表示，不希望看到两方人民之间冲突。基层菲律宾劳工与台湾的靠海生活者，同样努力工作、为家人打拼，这份心意一样。请所有民众“就事论事、将心比心”，不要迁怒在台讨生活的菲律宾劳工与在台菲籍人士。

　　面对台湾日益升温的仇菲氛围，台湾科学部门官员贺陈弘主动发声明稿表示，渔船事件是菲律宾政府的不对，“厂商不应对菲劳产生歧视，或做出敌意行为。”

　　他呼吁大家能以同理心看待，“台湾不愿意渔民受到侮辱，无辜的菲律宾人也不该受到欺负。”

　　新加坡《联合早报》16日刊文说，发泄情绪容易，但目前重点是要解决问题。文章指，双方总不可能为了这事兵戎相见，破坏区域安全，引发更大后遗症。

　　台湾《联合报》16日则载文称，事发之初，就有媒体即呼吁当局应该据理力争，但各界须保持理性，不必流于民粹或意气用事。

　　该报提出，当局可以对峙僵持，民间感情不可伤害；须准确掌握出手力道，避免发生回力棒的自伤；须坚持事理，但切勿孤注一掷。超越软硬，有攻有守，运用自如，才是得分之钥。